Название Hucho perryi надолго прижилось, некоторые пользуются им до сих пор. На основании некоторых морфологических и остеологических признаков  и существенных отличий в экологии (оседлый и проходной образ жизни) В. Д. Владыков в 1963 году отнес сахалинского тайменя к подроду Parahucho, что подтверждено морфологическими исследованиями и некоторое время считалось общепризнанным.  Наиболее важные признаки, отличающие СТ от близких видов H. hucho и H. taimen, - это более крупная чешуя и более слабый сошник.

 Множество работ было посвящено доказательствам самостоятельности рода Parahucho, в том числе разными методами: кариологическими, остеологическими, электрофоретическими. В дальнейшем это было подтверждено генетическими данными: по разным типам маркёров различия между Hucho и Parahucho оказались больше, чем между Hucho и Brachymystax (ленки).  Более того, Hucho и Parahucho характеризуют различные SINE-элементы.

Таким образом, сахалинского тайменя можно считать единственным представителем монотипичного рода Parahucho, в случае его исчезновения мы потеряем не подвид или вид, а целый род!

Многие сравнительные данные свидетельствуют о более тесном родстве сахалинского тайменя с тихоокеанскими лососями рода Oncorhynchus и тихоокеанскими благородными лососями рода Parasalmo. Напротив, с пресноводными тайменями рода Hucho сходство проходного тайменя, скорее всего, чисто внешнее и связано с особенностями экологии данных крупнейших хищных рыб.