Миграции рыб обычно объясняются различием в количестве пищи между морскими и речными обитаниями. В реке таймени в основном двигались вниз весной, вверх летом и вниз осенью, рыбы стремятся в сторону холодной воды.

Историю миграций изучали методом определения соотношения Sr/Ca (стронций/кальций) в отолитах взрослых рыб.  Чтобы сохранить особи в живом виде, предложен отличительный признак анадромных рыб от речных – гуаниновая пигментация чешуи у основания хвостового плавника.

Нерест в реках Хоккайдо и на юге Сахалина проходит в конце апреля - начале мая, на севере – с 20 мая по 5 июня. Повторный скат отнерестовавших рыб обычно происходит в июле, а с августа и до ноября они снова заходят в пресную воду. После ската как молодь, так и отнерестовавшие особи держатся вблизи устьев рек или в озерах и лиманах. Протяженных морских миграций таймень не совершает, о чем свидетельствуют неоднократные заходы в пресную воду в течение летнего нагула.

В крупных реках молодь тайменя нагуливается до 5-7 лет, достигая длины 40-50 см. Ограниченность мест нагула в малых реках способствует скату молоди в более раннем возрасте (2-4 года) и при меньших размерах (10-25 см).

В конце сентября - начале ноября таймень возвращается на зимовку в низовья рек или озера. В низовьях малых рек зимуют только мелкие особи.

В отличие от тихоокеанских лососей, связь проходного тайменя с морскими водами не столь сильная, многие рыбы выходят в приустьевые участки рек, в лиманы и морские заливы, и до открытого моря не доходят. Более того, существенная часть особей из популяций крупных рек не каждый год выходит в море и остается на все лето в пресной воде. По продолжительности и протяженности миграций сахалинский таймень больше напоминает не лососей, а полупроходных гольцов – мальму или кунджу.